Hoa Kỳ đã không nắm được âm mưu đảo chính này dù Khánh trước đó đã nói với một điệp viên của CIA là Lucien Conein (người làm đầu mối liên lạc giữa Tòa đại sứ Mỹ và các tướng lĩnh trong cuộc đảo chính lật đổ Diệm) tháng 12 năm 1963 rằng ông ta đang dự định tiến hành đảo chính; nó đã được lưu cùng với nhiều hồ sơ về tin đồn chính trị và bị quên đi. Sau cuộc đảo chính, Khánh được nhiều người Mỹ ủng hộ và xem như là một hy vọng mới của Việt Nam Cộng hòa.

Vào lúc này, tổng thống Pháp Charles de Gaulle đang dự định công nhận Cộng hòa Nhân dân Trung Hoa và muốn Đông Nam Á trung lập như một phần của chương trình nghị sự của mình. Khánh đã tận dụng điều này để tiến hành trả thù đối với các tướng Trần Văn Đôn và Lê Văn Kim, thành viên của Hội đồng quân sự. Khánh ra lệnh bắt giữ cả hai với cáo buộc họ là một phần của mưu đồ tập trung của Pháp. Khánh đã cho rằng họ đã phục vụ cho Quân đội thực dân Pháp. Khánh đã không thể chứng minh được cáo buộc của mình chống lại các tướng này trước tòa án binh nơi các cáo buộc đã bị bác bỏ và hai tướng này chỉ bị khiển trách là "đạo đức yếu". Khánh bị buộc phải bổ nhiệm Đôn và Kim chức cố vấn nhưng lại để các quân khu thuộc các sĩ quan của Quân lực Việt Nam Cộng hòa, những người đã không hài lòng với Khánh. Khánh cũng cho xử bắn Nguyễn Văn Nhung. Nhung nổi tiếng vì là người đã bắn chết anh em Tổng thống Ngô Đình Diệm và cố vấn Ngô Đình Nhu trong cuộc đảo chính năm 1963. Nhung trước đó đã trở thành một biểu tượng của việc loại bỏ Diệm và việc hành quyết Nhung khiến người ta lo rằng đây là dấu hiệu của việc quay trở lại các chính sách và các phần tử trung thành của Tổng thống Ngô Đình Diệm. Điều này đã gây náo động ở Sài Gòn, trong đó nổi bật là giới Phật tử và sư sãi, những người sợ các chính sách chống lại Phật giáo sẽ được áp dụng trở lại.